Farmakogenomiki ina mantiki — kwa nini sekta ya dawa haitumii?

Farmakogenomiki (PGx) imefikia paradoksi isiyo ya kawaida. Ushahidi wa kisayansi umekomaa, faida za kliniki (na kiuchumi) haziwezi kupingwa, lakini matumizi bado ni polepole, yamevunjika, na hayana usawa.
 

Hasa katika majaribio ya kliniki, uchanganuzi wa farmakogenomiki hutumika nadra sana. Uchunguzi kwenye ClinicalTrials.gov ulibaini majaribio ya uingiliaji yanayohusiana na PGx 619 tu kati ya jumla ya 350,728 (takriban 0.18%), na chini ya nusu yalieleza wazi ni vinasaba gani vilivyokuwa vikichunguzwa, ingawa PGx katika majaribio inaweza kufanya mambo kadhaa ya vitendo:
 

Ishara safi zaidi ya ufanisi: utofauti mdogo -> hadithi iliyo wazi zaidi ya
waliojibu/wasiojibu matibabu Matukio machache ya usalama: kutambua jenotipu zenye hatari kubwa mapema -> matukio machache ya athari mbaya za dawa (ADRs) yanayoweza
kuepukwa Ugumu mdogo katika majaribio: kuacha matibabu ni kidogo, dawa za kuokoa ni chache, na matukio ya dharura
ni machache Mkakati bora wa dozi katika awamu za mwanzo: PGx husaidia kuelezea matokeo yasiyo ya kawaida ya PK/PD kabla hayajageuka kuwa mshangao wa Sumu Inayozuia
Dozi Hadithi imara zaidi mwishoni: vikundi vidogo vilivyofafanuliwa kabla -> mkakati wa lebo unaokubalika zaidi kwa walipaji
 

Kwa timu nyingi za uendelezaji, PGx bado inaonekana kama kitu kinachoongeza utata bila kupunguza waziwazi hatari: vipimo vingi zaidi, uratibu zaidi, maswali zaidi ya kisheria, mambo mengi zaidi yanayoweza kwenda mrama. Wakati ratiba ni fupi na kushindwa ni gharama kubwa, hisia ya asili ni kurahisisha mambo, si kuanzisha sehemu nyingine inayohitaji uangalizi, hata kama sehemu hiyo ina umuhimu wa kimatibabu. Ndiyo hasa sababu kwa nini PGx imepata shida kutoka kuwa "wazo zuri" hadi kuwa "miundombinu ya kawaida" katika majaribio ya kimatibabu.
Ripoti za uzoefu wa madaktari pia zinaonyesha kuwa paneli za kibiashara za PGx zinaweza kukosa jeni muhimu zinazoweza kuchukuliwa hatua kulingana na mwongozo wa CPIC/FDA/DPWG huku zikijumuisha mabadiliko yenye ushahidi mdogo, na kufanya iwe vigumu kujua ni matokeo gani yanayofaa kikamilifu katika utendaji. Hata jeni husika inapojumuishwa, paneli zinaweza kutokamata kwa uthabiti aleli zote zinazoweza kuchukuliwa hatua kimatibabu (kama vile mabadiliko ya idadi ya nakala au miundo mseto), jambo ambalo linaweza kusababisha upangaji makundi usio sahihi wa wasindikaji wa dawa miongoni mwa washiriki.
 

Hata wakati upimaji wa PGx unatumika, lazima uendane na ratiba ngumu za majaribio: programu kama vile PREPARE zilihitaji matokeo yarudishwe ndani ya takriban siku 7 ili yaendelee kuwa na umuhimu kimatibabu, na katika mazingira halisi utekelezaji wa PGx unahusisha kila kitu kuanzia uteuzi wa jeni na tafsiri ya fenotayipu hadi utoaji wa ripoti, mantiki ya CDS, na ujumuishaji wa EHR kati ya timu nyingi. Kivitendo, kubadilisha data ya mfuatano wa jeni kuwa fenotayipu zinazoendana na miongozo mara nyingi hutegemea mifumo maalum ya bioinformatics na miundombinu ya ndani, jambo linalosababisha ucheleweshaji, changamoto za tafsiri, na utofauti kati ya maeneo tofauti, huku wataalamu wa afya wakitoa visingizio vya mara kwa mara vya uhaba wa muda na utafsiri mgumu wa matokeo kama vikwazo vikuu.
 

Kinaya ni kwamba hoja dhabiti zaidi kwa ajili ya farmakogenomiki tayari imewasilishwa. Utafiti wa PREPARE ulionyesha kwamba PGx ya kuzuia hupunguza athari mbaya za dawa zinazohusika kitabibu kwa takriban 30%. Hiyo si kiasi kidogo. Hilo ndilo aina ya ukubwa wa athari ambayo kampuni za dawa kwa kawaida huzisherehekea.
 

Lakini utafiti wa PREPARE pia ulionyesha kimyakimya kwa nini PGx bado haijapanuka: uchanganuzi wa vinasaba uliokusanywa mahali pamoja, muda wa kusubiri matokeo wa siku kadhaa, uratibu mkubwa, mzigo wa usindikaji data, na paneli ambazo hazikuwahi kubuniwa kwa ajili ya majaribio ya kimataifa yanayoendelea kwa kasi.
Kwa maneno mengine, sayansi ilifanya kazi. Usimamizi haukufanya kazi.
Hapa ndipo DNA ME inapoingilia kati.
Katika DNA ME, tunakabili pharmacogenomics kwa kutumia ufuatiliaji wa nanopore pamoja na suluhisho la programu lililorahisishwa na lenye ufanisi, kwa sababu mchanganyiko huo hatimaye unafanya PGx iendane na jinsi majaribio yanavyofanyika hasa.
 

Ufuatiliaji wa nanopore unakuwezesha kuzalisha data za kijeni karibu na eneo la jaribio badala ya kusafirisha sampuli hadi maabara kuu. Muhimu zaidi, ufuatiliaji wa kusoma maandishi marefu hutatua jeni za dawa ambazo ni muhimu zaidi (kama vile CYP2D6) bila kubahatisha na upangaji makundi potofu unaoikumba mbinu za jadi za kusoma maandishi mafupi

paneli. Lakini upangaji wa mfuatano ni nusu tu ya hadithi. Ufunguo halisi ni kile kinachotokea baada ya data kuzalishwa.
 

DNA ME hubadilisha data ghafi ya usomaji kuwa matokeo sanifu ya farmakogenomiki ambayo yanaweza kusomeka na mashine na kuwa tayari kwa majaribio, bila hitaji la wataalamu wa bioinformatics kufikia matokeo ya usomaji wa mfuatano. Data inaweza kupelekwa moja kwa moja kwenye ufuatiliaji wa usalama, kanuni za kuongeza kipimo, au mantiki inayobadilika ya majaribio. Uchambuzi pia unaweza kufanywa ndani ya kompyuta mpakato ya kawaida; hakuna hitaji la GPU au vifaa vya gharama kubwa vya kompyuta, na bila kupakia au kutuma data nyeti ya kijenetiki ya washiriki.
 

Mtiririko wa kazi wa DNA ME unaotumia nanopore pia unaweza kugundua methylation ya CpG na methylation maalum ya allele moja kwa moja kutoka kwa uchanganuzi uleule wa mfuatano, na hivyo kuongeza safu ya utendaji katika utambuzi wa farmakogenomiki bila vipimo vya ziada au uchakataji wa baadaye. Hii inawezesha utambuzi wa washiriki ambao umetaboli wao halisi unaweza kutofautiana na jenotipu yao iliyotabiriwa kutokana na udhibiti wa epigenetiki wa jeni za dawa, na hivyo kusaidia kupunguza matukio ya juu ya mfiduo na kuboresha uainishaji wa wasindikaji wa dawa ndani ya mfumo uleule uliorahisishwa.
 

Mara tu PGx inapokuwa ya haraka, ya bei nafuu, na isiyoonekana kiendeshaji (ikiwa imejengewa ndani kwa njia ileile sampuli za PK au maabara za usalama zilivyo), sekta ya dawa inaacha kuuliza kama inafaa kufanywa. Swali linakuwa ni kwa nini wangekubali hatari ya kutokufanya hivyo.

Ikiwa umewahi kujaribu kuingiza PGx katika jaribio, kikwazo kikubwa zaidi kilikuwa nini: gharama, muda wa kupata matokeo, uendeshaji, au ridhaa ya ndani?

Tunataka kujua ni nini timu zinakiona katika uhalisia.

(Na ikiwa unataka paneli iliyo tayari kwa majaribio + mtiririko wa kazi wa nanopore wa chomeka-na-tumia ulioundwa kwa ajili ya bidhaa yako, tutumie ujumbe kwa DNA ME nasi tutaijenga pamoja nawe.)