Misy dikany ny pharmacogenomics — ka nahoana ny indostrian'ny fanafody no tsy mampiasa azy?

Ny pharmacogenomics (PGx) dia tonga amin'ny paradôksa tsy mahazatra. Efa matotra ny porofo siantifika, tsy azo lavina ny tombony ara-pitsaboana (sy ara-toekarena), nefa miadana, mizara, ary tsy mitovy ny fampiharana azy.
 

Indrindra amin'ny fitsapana klinika, saika tsy ampiasaina mihitsy ny famaritana pharmacogenômika. Ny fikarohana tao amin'ny ClinicalTrials.gov dia nahita fitsapana fitsabahana mifandray amin'ny PGx miisa 619 monja tamin'ny 350,728 manontolo (eo amin'ny 0,18%), ary latsaky ny antsasaky ny fitsapana no nanome mazava tsara hoe iza amin'ireo gén no nodinihina, na dia afaka manao zavatra tena azo ampiharina maromaro aza ny PGx amin'ny fitsapana:
 

Fambara mazava kokoa momba ny fahombiazana: fiovaovana kely kokoa -> tantara mazava kokoa momba ny
mpamaly/tsy mpamaly Vokatra tsy fahita firy momba ny fiarovana: mamantatra mialoha ireo genôty ambony risika -> voka-dratsy azo sorohina vitsy
kokoa Fampihenana ny sakana mandritra ny fitsapana: fampitsaharana vitsy kokoa, fanafody vonjy vitsy kokoa, fampiasana fanafody vonjy vitsy kokoa rehefa misy tsy ampoizina
Paikady fatra tsara kokoa amin'ny dingana voalohany: manampy amin'ny fanazavana ireo vokatra miavaka amin'ny PK/PD ny PGx alohan'ny hahatongavany ho fampihorohoroana avy amin'ny poizina mametra ny fatra Tantara
matanjaka kokoa amin'ny farany: vondrona madinika voafaritra mialoha -> paikady fametrahana marika azo arovana kokoa ho an'ny mpandoa vola
 

Ho an'ny ankamaroan'ny ekipa mpamolavola, ny PGx dia mbola toa zavatra manampy fahasarotana nefa tsy mampihena mazava tsara ny risika: fitiliana maro kokoa, fandrindrana maro kokoa, fanontaniana maro kokoa momba ny fitsipika, zavatra maro kokoa mety tsy handeha araka ny tokony ho izy. Rehefa tery ny fe-potoana ary lafo ny tsy fahombiazana, ny fironana voajanahary dia ny manatsotra, fa tsy ny mampiditra singa miovaova hafa, na dia misy ifandraisany amin'ny fitsaboana aza io singa io. Izany indrindra no mahatonga ny PGx sahirana amin'ny fifindrana avy amin'ny "hevitra tsara" ho lasa "fotodrafitrasa fototra" amin'ny andrana ara-pitsaboana.
Voalaza ihany koa ao anatin'ny tatitry ny traikefan'ny mpitsabo fa ny "panel" PGx ara-barotra dia mety tsy hahitana ireo fototarazo manan-danja azo ampiharina araka ny torolalana avy amin'ny CPIC/FDA/DPWG, nefa kosa mampiditra ireo karazana fototarazo tsy ampy porofo, ka mahatonga ny fahasarotana amin'ny fahalalana hoe iza amin'ireo valiny no tena mahasoa amin'ny fampiharana. Na dia tafiditra ao aza ilay fototarazo ilaina, ny "panel" dia mety tsy hahita tsy tapaka ny "allele" rehetra azo ampiharina ara-pitsaboana (toy ny "copy number variants" na ireo firafitra mifangaro), izay mety hitarika amin'ny fanasokajiana diso ny mpandevina ny akora (metabolizer) eo amin'ireo mpandray anjara.
 

Na dia ampiasaina aza ny fitsapana PGx, dia tsy maintsy mifanaraka amin'ny fe-potoana tery amin'ny andrana: ny fandaharan'asa toa ny PREPARE dia mitaky ny famerenana ny valiny ao anatin'ny 7 andro eo ho eo mba hijanonany ho manan-danja ara-pitsaboana, ary amin'ny tontolo tena izy, ny fampiharana ny PGx dia mahafaoka ny zava-drehetra manomboka amin'ny fifantenana ny fototarazo sy ny fandikana ny fenôty hatramin'ny fanaovana tatitra, ny lojikan'ny CDS, ary ny fampidirana ao anatin'ny EHR (Firaketana Ara-pahasalamana Elektronika) amin'ny ekipa maro. Amin'ny fampiharana, ny famadihana ny angon-drakitra avy amin'ny fandaharana génetika ho fenôty mifanaraka amin'ny torolalana dia matetika miankina amin'ny rafitra bioinformatique manokana sy ny fotodrafitrasa eo an-toerana, izay miteraka fahatarana, olana amin'ny fandikana, ary fiovaovana isan-toerana, ka ny mpitsabo dia manonona hatrany ny tsy fahampian'ny fotoana sy ny fahasarotan'ny fandikana ny valiny ho sakana lehibe.
 

Ny mampihomehy dia efa nisy ny fanamarinana matanjaka indrindra ho an'ny pharmacogenomics. Nasehon'ny fikarohana PREPARE fa ny PGx mialoha dia mampihena ny voka-dratsin'ny fanafody manan-danja ara-pitsaboana manodidina ny 30%. Tsy kely izany. Izany no karazana haben'ny vokatra ankalazain'ny sehatry ny fanafody matetika.
 

Saingy naneho an-kolaka ihany koa ny PREPARE ny antony mbola tsy nahafahan'ny PGx niitatra: ny fanomezana génôty avy amin'ny foibe iray, ny faharetan'ny valiny andro maromaro, ny fandrindrana be loatra, ny vesatry ny fanodinana angon-drakitra, ary ireo karazana fitsapana izay tsy natao ho an'ny andrana maneran-tany sy mandeha haingana.
Raha lazaina amin'ny teny hafa, nandeha tsara ny lafiny biôlôjika. Tsy nety kosa ny lafiny lôjistika.
Eto no miditra an-tsehatra ny DNA ME.
Ao amin'ny DNA ME, izahay dia manatona ny pharmacogenomics amin'ny alalan'ny 'nanopore sequencing' miaraka amin'ny vahaolana rindrambaiko mahomby sy tsotra, satria io fitambarana io no mahatonga ny PGx hifanaraka amin'ny fomba fiasan'ny andrana ara-potoana.
 

Ny 'nanopore sequencing' dia ahafahanao mamokatra angon-drakitra ara-pototarazo eo akaikin'ny toerana anaovana ny andrana fa tsy mandefa ny santionany any amin'ny laboratoara iray foibe. Ny tena zava-dehibe kokoa, ny 'long-read sequencing' dia mamantatra ireo 'pharmacogenes' manan-danja indrindra (toy ny CYP2D6) tsy misy vinavina sy fanasokajiana diso izay manahirana ny fomba fanao nentim-paharazana amin'ny 'short-read'.

panely. Saingy antsasaky ny tantara fotsiny ny fandaharana. Ny tena fanokafana dia izay mitranga aorian'ny famoronana ny angona.
 

Ny DNA ME dia manova ny 'raw reads' ho vokatra pharmacogenomic efa voarafitra izay azon'ny milina vakiana sy vonona ho an'ny andrana, ka tsy mila manam-pahaizana manokana momba ny bioinformatics intsony mba hahazoana ny valin'ny 'sequencing'. Afaka miditra mivantana ao anatin'ny fanaraha-maso ny fiarovana, ny fitsipika fampitomboana ny fatra, na ny lojika mifanaraka amin'ny fivoaran'ny andrana ny angon-drakitra. Azo atao ihany koa ny manatanteraka ny famakafakana eo an-toerana amin'ny solosaina finday tsotra; tsy mila GPU na fitaovana kajy lafo vidy, ary tsy mila mampakatra na mandefa ny angon-drakitra ara-pototarazo saro-pady momba ny mpandray anjara.
 

Ny fomba fiasan'ny DNA ME mifototra amin'ny nanopore dia afaka mamantatra ihany koa ny methylation an'ny CpG sy ny methylation manokana isaky ny allele mivantana avy amin'ny fanadihadiana sequencing iray ihany, ka manampy sosona fiasa amin'ny famaritana pharmacogenomic nefa tsy mila fitsapana fanampiny na fanodinana aoriana. Izany dia ahafahana mamantatra ireo mpandray anjara izay mety ho hafa ny metabolisany amin'ny tena zava-misy raha oharina amin'ny genotype vinavinaina ho azy ireo noho ny fanitsiana epigenetika ny pharmacogene, ka manampy amin'ny fampihenana ireo tsy fahatomombanana amin'ny fatra sy ny fanatsarana ny fanasokajiana ireo mpanodina (metabolizer) ao anatin'ilay fomba fiasa iray efa voalamina tsara ihany.
 

Raha vao lasa haingana, takatry ny vola, ary tsy hita maso eo amin'ny fomba fiasa (tafiditra mitovy amin'ny fomba fampidirana ny fakana santionany PK na ny laboratoara momba ny fiarovana) ny PGx, dia tsy hanontany intsony ny indostrian'ny fanafody raha mendrika atao izany. Ny fanontaniana dia lasa hoe nahoana izy ireo no hanaiky ny risika amin'ny tsy fanaovana izany.

Raha efa nanandrana nampiditra ny PGx tamin'ny andrana iray ianao, inona no sakana lehibe indrindra: ny vidiny, ny fe-potoana hamitana, ny fomba fiasa, sa ny fankatoavana avy ao anatiny? Liana

izahay hahafantatra izay hitan'ny ekipa eny an-kianja.

(Ary raha mila 'panel' vonona ho an'ny andrana sy fomba fiasa 'plug-and-play' amin'ny nanopore namboarina manokana ho an'ny vokatrao ianao, mandefasa hafatra aminay ao amin'ny DNA ME dia hiara-hanorina izany aminao izahay.)