Pharmacogenomics nwere ezi uche — gịnị mere ụlọ ọrụ ọgwụ anaghị eji ya?

Pharmacogenomics (PGx) erutela n'ọnọdụ paradox pụrụ iche. Eziokwu sayensị zuru oke, uru ya n'ọgwụgwọ (na akụ na ụba) apụghị ịjụ, ma n'agbanyeghị nke ahụ, nnabata ya ka na-aga nwayọ, kewara, ma na-adịghị hà.
 

Karịsịa na nnwale ọgwụ, a na-eji nnyocha pharmacogenomic n'ezie pere mpe. Nnyocha na ClinicalTrials.gov chọpụtara naanị nnwale ntinye aka 619 metụtara PGx n'ime nnwale niile 350,728 (~0.18%), ma ndị pere mpe karịa ọkara kpọmkwem kọwara genụ ndị a na-amụ, ọ bụ ezie na PGx n'ule nwere ike ime ọtụtụ ihe bara uru:
 

Akara arụmọrụ doro anya: obere mgbanwe -> akụkọ doro
anya gbasara ndị na-aza ọgwụ/ndị na-anaghị aza ọgwụ. Ihe mberede nchekwa pere mpe: chọpụta genotypes nwere nnukwu
ihe ize ndụ n'oge -> obere ADRs a pụrụ izere. Belata mgbochi n'ule: obere nkwụsị, obere ọgwụ nkwụsị mberede, obere "ọrụ mberede"
Atụmatụ ọgwụgwọ ka mma na mbido usoro: PGx na-enyere aka ịkọwa ihe kpatara PK/PD ji pụta iche tupu ha aghọ ihe ijuanya nke mmetọ na-egbochi
ọgwụgwọ. Akụkọ siri ike na njedebe: ìgwè ndị a kọwara tupu oge eruo -> atụmatụ akara ngosi ka e kwadoro nke ọma maka ndị na-akwụ ụgwọ
 

Maka ọtụtụ ndị otu mmepe, PGx ka na-adị ka ihe na-agbakwụnye mgbagwoju anya na-enweghị doro anya belata ihe ize ndụ: ọtụtụ ule, nkwado ka ukwuu, ajụjụ ndị ọchịchị ka ukwuu, ihe ndị ọzọ nwere ike ịda. Mgbe oge dị mkpụmkpụ ma mmejọ dị oke ọnụ, mmụọ bụ ime ka ihe dị mfe, ọ bụghị itinye akụkụ na-agbagharị ọzọ, ọbụlagodi na akụkụ ahụ dị mkpa n'ihe gbasara ọgwụ. Nke a bụ kpọmkwem ihe kpatara PGx ji nwee nsogbu ịkwaga site na "echiche mara mma" gaa na "akụrụngwa ndabara" na nnwale ọgwụ.
Akụkọ ahụmịhe ndị dọkịta na-egosikwa na panel PGx azụmahịa nwere ike tufuo mkpụrụ ndụ ihe nketa dị mkpa a ga-eme ihe gbasara ha, nke nduzi CPIC/FDA/DPWG kọwara, mgbe ha na-etinye ụdị nwere ihe akaebe dị ala, na-eme ka o sie ike ịmata nsonaazụ ndị bara uru n'eziokwu. Ọ bụ ezie na a tinyere mkpụrụ ndụ ihe nketa metụtara ya, panel nwere ike ọ gaghị enweta mgbe niile ụdị mkpụrụ ndụ ihe nketa niile a ga-eme ihe gbasara ha n'ọgwụ (dịka mgbanwe ọnụọgụ oyiri ma ọ bụ nhazi ngwakọta), nke nwere ike iduga n'ịkọpụta ndị na-emepụta kemịkal n'ụzọ ezighi ezi n'etiti ndị sonyere.
 

Ọ bụ ezie na a na-eji nnwale PGx eme ihe, ọ ga-adabara oge nnwale siri ike: mmemme dịka PREPARE chọrọ ka e weghachite nsonaazụ n'ime ụbọchị ~7 ka ha wee bụrụ ihe bara uru n'ọgwụ, na n'ọdịdị ndụ n'ezie, itinye PGx na-agụnye ihe niile site na ịhọrọ mkpụrụ ndụ ihe nketa na ntụgharị phenotype ruo na ịkọ akụkọ, ụkpụrụ CDS, na ijikọ EHR gafee ọtụtụ ìgwè. N'omume, ịtụgharị data usoro mkpụrụ ndụ ka ọ bụrụ phenotypes kwekọrọ na ntuziaka na-adaberekarị na pipelines bioinformatics pụrụ iche na akụrụngwa mpaghara, na-ebute nkwụsị, ihe ịma aka n'ịkọwa, na mgbanwe n'etiti ebe dị iche iche, ebe ndị dọkịta na-ekwukarị na oge pere mpe na ịkọwa nsonaazụ mgbagwoju anya bụ nnukwu ihe mgbochi.
 

Ihe ijuanya bụ na e kwupụtara okwu kacha ike maka pharmacogenomics kemgbe. Nnyocha PREPARE gosiri na PGx na-eme tupu oge eruo na-ebelata mmetụta ọjọọ nke ọgwụ metụtara ọgwụgwọ site na pasent 30%. Nke ahụ abụghị obere mbelata. Ọ bụ ụdị nnukwu mmetụta ụlọ ọrụ ọgwụ na-emekarị emume.
 

Ma PREPARE gosikwara nwayọọ nwayọọ ihe kpatara PGx ji ka na-adịghị agbasa: nhazi genotyping etiti, oge nzaghachi nke ụbọchị ole na ole, nchịkọta ọrụ dị arọ, ibu ọrụ nhazi data, na panel ndị e mepụtaghị maka nnwale mba ụwa na-aga ngwa ngwa.
N'ụzọ ọzọ, sayensị ahụ rụrụ ọrụ. Njikwa emeghị.
Nke a bụ ebe DNA ME na-abata.
Na DNA ME, anyị na-eji usoro nanopore sequencing na ngwọta sọftụwia dị mfe ma rụọ ọrụ nke ọma na pharmacogenomics, n'ihi na ngwakọta a na-eme ka PGx dakọtara na otú nnwale si arụ ọrụ n'eziokwu.
 

Nanopore sequencing na-enye gị ohere ịmepụta data mkpụrụ ndụ ihe nketa nso ebe nnwale ahụ nọ kama izipu ihe nlele gaa ụlọ nyocha etiti. Ihe kacha mkpa, long-read sequencing na-edozi pharmacogenes ndị kacha dị mkpa (dị ka CYP2D6) na-enweghị ịtụ uche na nkewa ezighi ezi nke na-emetụta usoro ọdịnala short-read.

panelị. Ma ịtụ sekwensị bụ naanị ọkara akụkọ ahụ. Ihe kacha mkpa bụ ihe na-eme mgbe e mepụtara data.
 

DNA ME na-agbanwe raw reads ka ha bụrụ mmepụta pharmacogenomic kwekọrọ ụkpụrụ, nke igwe nwere ike ịgụ ma dị njikere maka nnwale, na-enweghị mkpa ka ndị ọkachamara bioinformatics rute nsonaazụ sequencing. A pụkwara itinye data ahụ ozugbo n'ịchịkwa nchekwa, iwu ịbawanye dose, ma ọ bụ usoro nnwale na-agbanwe agbanwe. Enwerekwa ike ịgba nyocha n'ógbè na laptọọpụ dị mfe; enweghị mkpa GPU ma ọ bụ akụrụngwa kọmputa dị oke ọnụ, na-enweghị ibuli ma ọ bụ izipu data mkpụrụ ndụ ihe nketa ndị sonyere nnwale nke nwere nzuzo.
 

Usoro ọrụ DNA ME nke dabere na nanopore nwekwara ike ịchọpụta methylation CpG na methylation kpọmkwem nke allele ozugbo site na otu nnyocha usoro (sequencing run), na-agbakwunye ọkwa ọrụ na profaịlụ pharmacogenomic na-enweghị ule ndị ọzọ ma ọ bụ nhazi ọzọ. Nke a na-eme ka o kwe omume ịchọpụta ndị sonyere n'ule ndị metabolism ha n'ezi ndụ nwere ike ịdị iche na genotype a tụrụ anya ha n'ihi njikwa epigenetic nke pharmacogenes, na-enyere belata ihe ịma aka metụtara exposure ma melite nkewa ndị na-emepụta metabolite n'otu usoro a haziri nke ọma.
 

Oge PGx ga-esi bụrụ ngwa ngwa, dị ọnụ ala, ma ghara ịdị anya n'ọrụ (etinyere ya otu ụzọ ahụ dị ka e si etinye nlele PK ma ọ bụ ụlọ nyocha nchekwa), ụlọ ọrụ ọgwụ agaghị ajụ ma ọ bara uru ime ya. Ajụjụ bụ ihe kpatara ha ga-eji nabata ihe ize ndụ nke ịghara ime ya.

Ọ bụrụ na ị nwara ijikọ PGx n'ime nnwale, gịnị bụ ihe kacha gbochie ya: ụgwọ, oge a na-ewe, usoro ọrụ, ma ọ bụ nkwado n'ime ụlọ ọrụ?

Anyị chọrọ ịma ihe ndị otu na-ahụ n'ọhịa.

(Ma ọ bụrụ na ịchọrọ panel dị njikere maka nnwale + usoro ọrụ nanopore plug-and-play ahaziri maka akụrụngwa gị, zitere anyị ozi na DNA ME ma anyị ga-ewu ya na gị.)